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그 옛날, 어느 나라에 운석이 떨어져, 거기에 특수한 힘을 선사해 사자들이 나타났다. 이들은 '닌자'라 불리며 난세 때 다이묘를 섬겼고, 첩보활동을 중심으로 한 여러 임무를 수행하였다. 그러나 시간이 흘러 어느덧 닌자는 불필요한 존재로. 그리하여 닌자들은 쫓기듯 바다를 건너 세계 각지로 흩어져 갔다. 시간은 흐르고 현대. 닌자의 후손들은 자신들이 가진 특수한 능력, 시노비의 힘을 존속시키기 위해 세계 닌자협회 'WNA' 설립. 그리고 'WNA'는 몸 속에 잠든 시노비의 힘을 더욱 강하게 끌어낼 수 있다. 닌자껌의 연구개발에 성공하는 것이었다. 최강 시노비의 힘을 가진 닌자를 찾아내기 위해 닌자껌을 이용한 익스트림 닌자 경연대회 '닌자라'를 연다. 그 대회 뒤에는 닌자껌을 둘러싼 사건, 음모, 그리고 미지의 생물의 존재가 교착하고 있었다….

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그 옛날, 어느 나라에 운석이 떨어져, 거기에 특수한 힘을 선사해 사자들이 나타났다. 이들은 '닌자'라 불리며 난세 때 다이묘를 섬겼고, 첩보활동을 중심으로 한 여러 임무를 수행하였다. 그러나 시간이 흘러 어느덧 닌자는 불필요한 존재로. 그리하여 닌자들은 쫓기듯 바다를 건너 세계 각지로 흩어져 갔다. 시간은 흐르고 현대. 닌자의 후손들은 자신들이 가진 특수한 능력, 시노비의 힘을 존속시키기 위해 세계 닌자협회 'WNA' 설립 그리고 'WNA'는 몸 속에 잠든 시노비의 힘을 더욱 강하게 끌어낼 수 있다 닌자껌의 연구개발에 성공하는 것이었다. 최강 시노비의 힘을 가진 닌자를 찾아내기 위해 닌자껌을 이용한 익스트림 닌자 경연대회 '닌자라'를 연다. 그 대회 뒤에는 닌자껌을 둘러싼 사건, 음모, 그리고 미지의 생물의 존재가 교착하고 있었다….