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<p><font face="돋움">이전 시리즈에 이어 마침내 호우엔 지방으로의 여행을 시작한 사토시. 그러나 로켓단에 의해 피카츄가 몸 속에 가득찬 전기를 내뿜지 못하는 대전증에 걸리게 되고, 호우엔 지방에 도착하자마자 포켓몬 센터로 달려가지만 얄궂게도 그 곳에는 포켓몬 센터가 없었다. 대신 그 지역의 포켓몬 전문가인 오다마키 박사를 만나 그의 연구실로 가던 도중, 피카츄가 고통을 이기지 못해 어디론가 사라진다. 피카츄를 찾아다니던 사토시와 오다마키 박사는 새로운 포켓몬 트레이너 하루카와 만나게 되고, 얼떨결에 하루카도 같이 피카츄를 찾다가 로켓단과 마주치게 된다.</font></p><p><font face="돋움">로켓단은 피카츄를 잡기 위해 전기 흡수장치를 활용하지만, 도리어 피카츄의 대전증을 없애버려 힘만 키운 격이 되었고 결국 로켓단은 피카츄의 전기 공격에 어디론가(?) 날아간다. 오다마키 박사의 연구실에 온 하루카는 새로운 포켓몬으로 아차모를 선택하고 사토시와 여행을 함께 떠나게 된다. 그리고 그들은 하루카의 고향 토우카 시티로 가게 되고 거기서 사토시는 최강의 전력을 자랑하는 센리 관장(하루카의 아버지)과 피카츄 하나만으로 겨뤄 비록 패하지만 대등한 경기를 펼친다.</font></p><p><font face="돋움">센리 관장은 하루카의 동생 마사토에게 포켓몬 내비게이터(포켓내비)를 주면서 사토시에게 함께 여행해달라고 부탁하고, 사토시는 이를 수락하여 마사토도 함께 여행을 떠나게 된다. 그리고 뒤늦게 사토시를 따라온 타케시도 합류하여, 마침내 호우엔 리그를 향한 여행에 참가할 멤버가 정해지게 된다. 사토시는 확실히 예전판에 비해 좀 더 냉철해진 판단력을 무기로 체육관 시합을 치르게 되어, 결국 8개 뱃지를 모두 모아 호우엔 리그에 출전하여 4강까지 진출하는 기염을 토한다. 그러나 준결승전에서 접전 끝에 이기지 못하고 다시 분루를 삼키게 된다.(참고로 사토시는 체육관 시합에서 단 한 번도 패한 적이 없다는 센리 관장을 상대로 이겨 밸런스 뱃지를 얻은 바 있다.) 이후 사토시는 새로운 도전의 땅, 칸토 지방을 향해 여행을 떠나게 되고 이 지역에서 열리는 '포켓몬 배틀 프론티어'를 준비하게 된다.</font></p><p><font face="돋움">한편으로, 원래 포켓몬에는 관심이 없고 단지 여행을 위해 사토시를 따라나섰던 하루카는, 아게한트를 데리고 포켓몬 콘테스트에 출전했던 한 트레이너를 보고 감동하여, 자신도 포켓몬 콘테스트에 출전하기로 결심한다. 첫 출전에서는 예선 탈락했지만, 두 번째 출전만에 우승하여 리본을 손에 넣는 등 큰 선전을 거듭하고 있다. 이전 시리즈와는 달리 이번 시리즈는 사토시의 포켓몬 리그 경기와 하루카의 포켓몬 콘테스트 대결이 함께 다뤄짐으로서 좀 더 스토리가 다양해졌다.​</font></p>