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전원 기숙사제인 명문 사립학교 크로스 학원은 데이 클래스와 나이트 클래스로 나뉜다. 데이 클래스는 보통의 아이들이 다니지만, 나이트 클래스는 뱀파이어들이 다닌다는 것이 특징이다. 주인공인 크로스 유우키와 키리유 제로는 이 학교의 규율위원. 나이트 클래스가 뱀파이어들이 다닌다는 것을 숨기기위한 요원이다. 크로스 유우키는 나이트 클래스의 위원장인 쿠란 카나메에게 10년전에 뱀파이어로부터 도움을 받은 적이 있어 카나메를 동경한다. 또 유우키와 제로는 나이트 클래스의 남학생들에게 데이 클래스의 여학생들이 몰려다니는 것을 막느라 쉴 틈이 없다. 하지만 학교에는 서서히 학교의 평화를 깨뜨리려는 불운의 그림자가 나타나기 시작하는데. . .